İNVAZİV FUNGAL ENFEKSİYONLARIN TANISINDA İN-HOUSE POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONUNUN DEĞERLENDİRİLMESİ / EVALUATION OF IN-HOUSE POLYMERASE CHAIN REACTION FOR DIAGNOSIS OF INVASIVE FUNGAL INFECTION

Müge Aslan, Yasemin Öz, Filiz Akşit, Meltem Olga Akay
2.039 587

Öz


Özet: Son yıllarda invaziv fungal enfeksiyonların sıklığı bağışıklık sistemi baskılanmış hasta sayısındaki artışa paralel olarak artmakta, önemli mortalite ve morbidite nedeni olmaktadır. Hastaların prognozunda erken tedavinin etkisi bilinmekle birlikte, mikroskobik inceleme ve kültür gibi yöntemlerin tanıdaki yetersizlikleri nedeniyle, genellikle mümkün olamamaktadır. Bu nedenle invaziv fungal enfeksiyonların erken tanısına yönelik  kültür dışı yöntemleri içeren çalışmalar gündeme gelmiştir. Gereç-Yöntem: Çalışmamızda febril nötropenik hematolojik maligniteli hastalarda invaziv fungal enfeksiyonların (İFE) tanısında in-house polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)’nun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Ocak 2011-Ocak 2012 tarihleri arasında hematolojik malignite nedeniyle hastanemiz Hematoloji Servisi ve Kemik İliği Transplantasyon Ünitesinde takip edilen İFE açısından riskli hastalar EORTC/MSG kriterlerine göre proven, probable ve possible İFE olarak sınıflandırıldı. Hastaların serum örneklerinden ticari ekstraksiyon kiti (Qiamp DNA minikit) ile DNA izolasyonu sonrasında panfungal primerler kullanılarak amplifikasyon uygulandı. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jelde yürütülerek görüntülendi. Bulgular: Toplam 99 hastanın 161 febril nötropenik epizodundan 358 hasta serumu elde edildi, bunların 12’sinde (%3.35) fungal DNA saptanmış olup proven ve probable İFE olarak tanımlanan 18 epizodun 3 (%16.66)’ ünde, düşük olasılıklı İFE grubunda 60 epizodun 4’ünde (%6.6) 500-550 baz çiftlik bölgede bant görülmüş olup pozitif değerlendirilmiştir. Sonuç: Çalışmamızda düşük duyarlılık oranları saptanmış olup amplifikasyon şartları ve PCR reaksiyon miksinde değişiklikler yapılarak yöntem tekrarlandığında da beklenen sonuçlar elde edilemememiştir. Bununla birlikte, moleküler testlerde standardizasyonun sağlanması, çevre şartlarından daha az etkilenen, duyarlılığı ve özgüllüğü yüksek standardize ticari kitlerin geliştirilmesi İFE tanısına önemli katkı sağlayacağından, benzer araştırmaların gerekli olduğu düşünülmektedir.

Anahtar kelimeler: Febril nötropeni,invaziv fungal enfeksiyon, in-house PCR, tanı

Abstract: The incidence of invasive fungal infection (IFI) has increased over the last years, especially in immuncompromised patients with high mortality and morbidity rates. Although, early diagnosis such as conventional approaches, including direct microscopic examination and cultivation, diagnosis is difficult because these methods low sensitivity rates of diagnosis of IFI. In recent years, molecular diagnostic techniques have been developed, including polymerase chain reaction (PCR). Material and method: Between January 2011 and January 2012; febrile neutropenic patients with haematologic malignancies followed in haematology and bone marrow transplantation units were included in the present study. Patients were classified by the European Organization for the Research and Treatment of Cancer/Mycoses Study Group criteria as proven, probable and possible IFI. DNA extraction from serum samples was performed using the commercial extraction kit (Qiamp DNA minikit), after isolation of DNA amplification performed with panfungal primers. PCR products visualized using agarose gel electrophoresis. Results: This study was conducted with 358 serum samples obtained from 99 patients 161 febrile neutropenic episodes. Of the samples 12 (3.35%) were found positive by PCR. In the results, 500-550 base-paired (bp) bands obtained with universal primers were evaluated as fungal DNA positivity. Episodes with proven and probable IFI 16.66%, possible IFI 6.6% positive results detected. Conclusion: In presented study lover sensitivity rate is determined, when the PCR amplification conditions and reaction mix changed and method repeated but expected results are not obtained. However the standardization of molecular tests is required; such as less affected by environmental conditions and high sensitivity and specificity rates, and standardized commercial kit will contribute significantly for diagnosis IFI. We think that, similar large scale evaluations required in future.

Key words: Diagnosis, febrile neutropenia, invasive fungal infection, in-house PCR


Tam metin:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.20515/otd.55165